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Willkommen

STR-Analyse

Authentication of cell lines
Dass HeLa-Zellen nicht immer von Henrietta Lachs stammen und sogar manchmal ein Mann darunter sein kann, gehört heute schon zum Ausbildungsinhalt einer jeden guten MTA-Schule. Doch trotz des Wissens geht es weiter:
  • Sind Ihre Tumorlinien auch wirklich die, für die Sie sie halten?
  • Ist Ihr cell based assay aus den ersten Tagen der Etablierung noch vergleichbar mit heute?
  • Und in Ihrer medizinischen Studie, sind auch die Väter wirklich die Väter Ihrer Probanden?
Humangenetiker wissen in der Pränatal-Diagnose muss auf Kontamination getestet werden, aber nicht nur dort.

Der Kurs richtet sich nicht nur an wissenschaftliche und technische Mitarbeiter in Zellkultur-Laboren. Er ist ebenso gut konzipiert für Humangenetiker, die Ihre Pränataldiagnostik über eine STR-Analyse auf Kontamination mit mütterlicher DNA kontrollieren möchten, oder aber eine falsche Vaterschaft ausschliessen möchten. Selbstverständlich sind auch die behandelten Themen wichtig für Vaterschaftstest-Labore und Forensiker.  
 
Ziele und Inhalte des Kurses sind:

Wir möchten Sie mit den molekularbiologischen Grundlagen einer STR- und SNP-Analyse vertraut machen. Insbesondere sind dies:

  • PCR, DNA- und Genomaufbau im Zusammenhang mit DNA-Polymorphismen

  • Geräte zur Analyse von STRs und SNPs am Beispiel der Kapillarektrophorese

  • Entstehung und Stabilität von STRs und SNPs, sowie deren Mutationsrate

  • Anwendungsbeispiele sind: Zellidentifizierung, Kontaminationsnachweis, Genetische Instabilität, Vaterschaftstest und Kontamination mit mütterlicher DNA in der Pränatal-Diagnose

  • Methoden der Analyse von SNPs und STRs

  • Flußdiagramm für die Analyse einer Probe zur STR-oder SNP-Typisierung


Protokolle und Praxis:
  • Präparation der DNA aus Zellpellets oder Kulturmedium

  • PCR-Protokoll für STR-, VNTR- und SNP-Analysen

  • Datenbankabfrage bei DSMZ oder anderen Anbietern

  • Aufbau einer eigenen Datenbanktabelle für Zwecke der Qualitätssicherung

  • Für Vaterschaftstest: Berechnung der Vaterschaftswahrscheinlichkeit und Ausschlusswahrscheinlichkeit.

Experimente
  • Jede Gruppe führt eine DNA-Präparation mit Zellpellet oder einem eigenen Mundschleimhautabstrich durch.

  • Gruppe 1 führt ein STR-Multiplex für die Analyse auf einem CEQ8000 durch.

  • Gruppe 2 pipettiert eine VNTR-PCR mit mehreren Markern als Vergleich für ein Agarose-Gel

  • Gruppe 3 pipettiert ein STR-Multiplex-PCR mit einem Beispiel-Vaterschaftstest

  • Abfrage der Daten bei einer Datenbank und Berechnung der Vaterschaftswahrscheinlichkeit

Literatur und Download-Hinweise

  • Links zu Literatur und Downloads finden Sie in unserem Wissensportal unter Bücher und dann STR- und SNP-Analysen.
Natürlich bleibt wie immer auch Platz für Ihre Fragen. Und wenn Sie bereits im Vorfeld Fragen haben, können Sie uns gerne ein Email schicken.
Antworten auf Fragen zur Kursorganisation und Anmeldung finden Sie hier.

>>HeLa in Die Zeit >>DSMZ >>Allen et al., 2008 >>Barallon et al., 2010 

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